马克思主义传入中国，就必然面临着一个同中国本土文化相遇和融合的问题，而儒学作为中国传统文化的主干，它同马克思主义的历史联系，构成了其中的基本内容。马克思主义同儒学传统在事实上早已发生了融合，但迄今尚缺乏学理上的阐释。可以说，马克思主义中国化的实践走在了理论研究的前面。马克思主义在理论和实践双重意义上的中国化进程都需要进行深入反思，这不仅是使马克思主义中国化这一进程变得自觉的需要，也是系统总结马克思主义中国化历史经验的需要，它对中国特色社会主义的理论和实践都具有重要启示价值。因此，马克思主义与儒学关系研究就成为一个不容回避的重要课题。从不同层面恰当地把握这种研究中存在的问题，无疑是一项前提性的工作。
方法层面
从方法的角度说，马克思主义与儒学关系研究，大致可沿着两个路径展开：一是“实证”，二是“虚会”。“实证”即“拿证据来”，它要求从文献学意义上看两种思想或学说之间有没有发生实际影响。思想史上新证据的发现，往往能够改变人们以往的认知，甚至部分乃至全部地改写思想史。所以对中国马克思主义接受史的实证研究，具有基础的地位和意义。“虚会”则主要着眼于学理层面，无须经验证据或考据学意义上的联系，而仅仅从逻辑可能性上看不同学说之间有无契合之处。事实上，一种思想对另一种思想的影响往往缺乏直接证据。譬如，马克思主义传入中国后，必然要经过中国人的解读，其结果便形成了中国化的马克思主义，以儒学为代表的传统文化更多的是通过集体无意识这一种族记忆来影响诠释这一过程和结果的，它甚至未经反省就作为一种先行有效的背景或期待视野，构成不可剔除的重要变量，经过矫正和过滤，被解释出来的马克思主义已然带有了中国的味道。再如，时势的影响提供了对于理论的选择偏好和历史语境，这些因素都是无形的，甚至不着眼于历史的长时段就难以看清。诚如马克思所言：“理论在一个国家实现的程度，总是决定于理论满足这个国家的需要的程度。”但这种时代氛围对于理论选择的决定性影响，也往往难以找到直观证据。就思想家本身而言，时代的诉求未必是自觉地发生作用的；时代与思想的内在联系往往是潜在的，甚至是无意识地发生的。但作为反思，我们的研究却必须把这些影响自觉地揭示出来。还有，不同思想间的彼此影响往往是隐性的，以非学术方式发生的文化意义上的影响尤其如此。一个人究竟读了谁的书，又受到哪些影响，才形成了自己的思想，往往缺乏直接证据。试图还原到原初事实上去，以支持某种论断，其局限性甚大。所以，我们的研究在很大程度上不得不借助于“虚会”。只要在义理上讲得通，而且已经遇到的事实同义理不发生矛盾，就具有合法性。直接证据固然非常重要，考证绝对是一个不能无视的前提，但它并不能解决所有问题。倘若缺乏一个先验框架的话，不同事实之间的联系便无从建立。因为正像休谟所提示的那样，“此后”并不等于“因此”。总之，在研究方法上，应采取宽容态度，达成实证与虚会的互补。
对象层面
总的来说，在研究对象上应该坚持宏观整体研究和微观个案研究相结合。对马克思主义传入以来同中国文化的碰撞和融会、对其一百多年的历史进程及总体趋势，有必要作一种鸟瞰式的把握。撇开这个方面，就将丧失整体坐标，脱离宏大历史语境，进而有可能迷失于细节，使所有微观研究和个案考察失去参照。当然，微观个案的研究也不可忽视。例如，对不同历史阶段的研究，甚至几年、几十年、一百年历史节点的单独考察；对经典著作的研究，特别是对那些里程碑式的代表作进行深入的个案剖析，“以小见大”，透视和折射丰富的蕴涵；对典型人物的研究也应受到高度重视。例如，可以将毛泽东这样的历史伟人置于马克思主义中国化的历史进程中和宏大背景下，加以审视并做专门探讨。作为一种历史-文化现象，毛泽东的意义早就超出了个人的范围，从某种意义上讲，读不懂毛泽东，就读不懂中国，也读不懂中国化了的马克思主义。在毛泽东的思想中，我们既可以看到马克思主义的核心元素，也能够体会出传统文化的某些因子。在内容方面，毛泽东思想中有马克思主义的基本原理，如唯物论、辩证法、认识论、历史观、经济学、科学社会主义等等，也有传统文化特别是儒学的成分，如强调伦理至上的诉求、人民本位、践履的优先性、人的意志力等等。在形式方面，毛泽东思想中有马克思主义的叙事方式，如翻译过来的一系列术语，也有传统文化所特有的表征方式。当然，毛泽东是用中国语言来谈论马克思主义的。以哲学为例，他更愿意用“实事求是”来表达马克思主义哲学的唯物论立场，用“知行关系”来讨论马克思主义哲学的认识论问题，用“一分为二”来指称唯物辩证法的对立统一规律，等等。但这些中国符号所表征的原理仍然是属于马克思主义的。可以说，马克思主义同儒学发生联系的过程，也是二者相互扬弃的过程。
内容层面
从研究内容看，马克思主义与儒学的关系包含实践和理论两个层面。实践同理论的互动关系在于：实践总是特定理论指导下的实践；理论也总是特定实践基础上的理论。从解释学角度看，理论的实践运用本身就是一种广义的解释活动。中国之所以接受马克思主义，归根到底是为了在实践中运用它。因为引进马克思学说来指导我们的实践能够奏效，能够解决中国面临的问题。“五四”运动前后传入中国的西学各式各样，为什么单单马克思主义胜出？这绝非偶然。从根本上说是取决于实践的选择。这是第一个层面，即实践意义上的马克思主义中国化。另外，历代中共领导人和学者们从理论上用中国的表达方式——包括语言的、文化的等等——来解读马克思主义而形成的一系列成果，这是理论层面的马克思主义中国化。这两个层面都需要进行深入探讨：既要具体地考察实践过程中马克思主义是怎么一步步地成为“中国的”，成为中国人进行革命和建设的实践方式的；又要从理论层面研究马克思主义与儒学会通的思想史及其内在逻辑。这两个层面又形成一种互动关系。马克思主义不从理论上中国化，就无法来指导中国的具体实践；脱离了中国语境中的实践活动，理论也无法真正达到中国化，甚至可能沦为一种与实践无涉的纯粹知识论建构，教条主义的致命错误恰源于此。这就从内容上规定了马克思主义与儒学关系研究的双重任务。
视角层面
选择怎样的角度研究马克思主义与儒学的关系问题至关重要。笔者认为，应适当地区分对马克思主义同儒学相融合的过程及其结果的研究，以及对这种融合的研究本身所做的元研究。前者是以马克思主义与中国传统文化的实际结合为研究对象和内容的，后者则是以这种研究本身为对象的再研究，带有反思的性质。这种划分的意义在于，能够最大限度地避免和克服研究中隐含的主观性干扰。当我们考察马克思主义与儒学融合的实际过程时，有可能存在着“既是剧作者，又是剧中人”的自我缠绕关系。因为研究者本身很可能就是马克思主义中国化的实际参与者（理论的或实践的）：这既赋予研究者以在场性，从而拥有“认识论特权”，以“此在”的姿态加以叙事；同时也潜在着一种危险，即往往有意无意地偏好从同情的角度来描述、解释和评价，难以保持一种学术上的价值中立性，进而妨碍了对问题实质的洞察和考量。因此，反思性的研究就成为矫正这种干扰和偏颇的必要补充。作为一种元研究，对马克思主义与儒学关系研究本身加以考察，可以使研究者从身临其境的角色中抽身，以非在场式的冷静和达观看待并审视研究状况，尽可能克服主观随意性，进而逼近客观性理想。这正是相关研究获得科学性的前提和保障。
判断层面
马克思主义与儒学关系研究的判断形式，有事实的和价值的两种。在研究中，需要自觉区分“是”与“应当”。马克思主义中国化的过程在事实上是怎样的，是历史学和思想史的任务；马克思主义中国化的过程应该是怎样的，则是一个规范性的问题，它只有在对马克思主义同儒学及其所代表的中国传统文化的历史联系进行反思的基础上才可能解决。前者属于事实判断，后者属于价值判断。混淆了这两者将会导致两种倾向：一是把应然的当作实然的加以确认，就有可能把马克思主义与儒学相融合的理想化形态当成可以迅即在实践中直接“兑现”的状态去追求，从而陷入脱离实际的激进；一是把实然的当作应然的加以定位，则可能把马克思主义与儒学相融合的现实状况神圣化，从而妨碍我们对历史经验乃至历史教训的深刻总结和汲取。这两种倾向都将消极地影响马克思主义中国化的理论和实践的健全发展。这就需要在事实判断和价值判断之间保持适当的张力。仅仅满足于事实判断，做出一种客观刻画和解释显然不够，因为在马克思主义中国化的过程中，并非所有的中国化后果都是我们可以接受的，例如，“食洋不化”的教条主义。因此，我们的研究需要有一种自觉的意识，即兼顾事实判断和价值判断亦即“是”和“应当”两个层面。唯其如此，才有可能使我们的研究工作不断地趋向全面和完备。